在實際應用過程中要根據生產的實際情況對磁選機進行調整，保證磁選機的正常穩定運轉。適宜的操作條件應根據原料性質和選分要求經過實踐來加以確定。磁性礦物含量多時，給料層可適當厚些。作用在礦粒上的機械力以重力和慣性力為主，重力是一個常數，慣性力與速度的平方成正比的增減。磁選機的操作調節注意的主要因素是：給料層厚度（給礦量）、振動槽的振動速度、磁場強度和工作間隙等。
　　(1)磁選時給料層厚度：磁選機給料層厚度同被處理原料的粒度和磁性礦物的含量有關。掃選時，盡可能把工作間隙調節到最小限度以提高回收率；精選時，最好把工作間隙調大些，減小兩極間磁場分布的非均勻程度和加大磁性礦粒到盤齒尖的距離，以增加分離的選擇性，提高磁性產品的品位，但同時要適當增加電流來補償由于加大工作間隙所降低的磁場強度。減小工作間隙會使磁場力急劇增加。弱磁性礦物在磁場中所受的磁力超過重力不多，因此，振動槽的速度如果超過某一限度，則由于慣性力劇增，磁力就不足以把它們很好的吸起，所以弱磁性礦物在磁選機磁場中運動速度應低于強磁性礦物的運動速度。
　　(2)振動槽的振動速度：磁選時振動槽的振動速度決定礦粒在磁場中停留的時間和所受機械力的大小。處理磁性強些的礦物和精選作業，應采用較弱的磁場強度。磁場強度的大小決定于被處理原料的磁性和作業要求。一般來說，精選時，原料中的單體礦物多，它們的磁性較強，振動槽的振動速度可以高些；掃選時，原料中含連生體較多，而連生體的磁性又較弱，為了提高回收率，振動槽的速度應低些。磁選機工作間隙一定時，兩磁極間的磁場強度決定于線圈的安匝數，匝數是不可調節的，所以利用改變電流的大小來調節磁場強度。處理粗級別時大些，處理細級別時小些。

　　(3)磁選機磁場的強度和工作間隙：磁選機的磁場強度和工作間隙同被處理原料的粒度，磁性和作業要求有密切關系。電流一定時，改變工作間隙的大小可以使磁場強度和磁場梯度同時發生變化。工作間隙的大小決定于被處理原料的粒度大小和作業要求。處理粗粒原料一般要比細粒的給礦層要厚些。振動槽的振動頻率和振幅的乘積愈大，振動速度愈大，礦粒在磁場中停留時間愈短。